События фильма разворачиваются через два года после завершения Четвёртой мировой войны ниндзя. Главный герой Наруто Узумаки сталкивается с новой угрозой: похищена Ханаби, младшая сестра его жены Хинаты. Для её спасения Наруто приходится вновь применить боевые навыки, которые он не использовал в мирное время. К нему присоединяются бывшие союзники по войне: Саске, Сакура, Какаши, Сай и другие знакомые персонажи. Противник, похитивший Ханаби, обладает значительной силой и многочисленным отрядом.

После событий, нарушивших привычный порядок в Орарио, жизнь города возвращается в обычное русло. Торговля восстанавливается, а искатели приключений вновь спускаются на нижние этажи Данжа в поисках ценных ресурсов и сокровищ. На этом фоне главные герои - Белл и богиня Гестия - принимают решение отправиться в длительное путешествие. Их путь лежит в удаленный регион континента, где расположены руины Эльсос. Миссия, которую предстоит выполнить героям, связана с исследованием древних развалин. Руины

Харуаки Яти является старшеклассником. Его отец, учёный-исследователь, редко бывал дома из-за частых экспедиций. Однажды Харуаки получает извещение о посылке от отца и отправляется на почту. Внутри он находит необычный кубик. Герой начинает изучать предмет, пытаясь понять его назначение. В ходе исследования выясняется, что кубик способен трансформироваться в различные объекты и может применяться для разных задач. Случайная активация кубика приводит к обнаружению его потенциально опасных

Старшеклассник Харуки находит в классе дневник с подписью "Дневник моей болезни". Изначально он не решается читать личные записи, но затем узнаёт, что тетрадь принадлежит его однокласснице Сакуре. Из содержания дневника Харуки выясняет, что девушка скрывает от сверстников наличие смертельного заболевания - её поджелудочная железа не функционирует. Несмотря на ограниченный срок жизни, Сакура продолжает посещать уроки, общаться с друзьями и вести дневник, фиксируя повседневные события.